太阳少阴系统，为六节中之天部。此系统主天人相应、主水液代谢、主一身之内外，为人体阴精阳气藏用最重要的场所。六节之中，太阳少阴为离坎之象，太阳主在心，肺之异用隐于其中。太阳如日中天丽照万物而为一身之主，然又含阴根，领一身之降；少阴主在肾，肾气坎象，脏肝发陈肾精所成之肾气即肾间动气为一身之本，少阴又含阳根，主一身之温升。心阳为肾精之化用，肾为心之本，“合心于精”为识心生理、病理之关键。
太阳少阴一也，心与肾一也。太阳少阴为一系统，太阳为系统之外，少阴为系统之内。病，实则太阳，虚则少阴。所谓实，（心肺肾）脏之精气未亏损而受邪，即“邪气盛则实，正气夺则虚”。
①太阳
一气周流，经分为六，太阳独大。太阳，三阳之中阳气最盛者也。
太阳，为太阳少阴天部系统之外，主表统外，又内主五脏而为一身之主（“南方色赤，入通于心……故病在五脏”，《金匮真言论》）。脏腑而言，心为阳中之太阳，为君主之官，肺为阳中之太阴，为天脏，为相辅之官，六节中太阳之气乃二脏功能所化。一身而言，肢节九窍、经络血脉、皮肉筋骨脉等气化结构属外者，皆归太阳所主。另外，小心系统最后亦合入太阳，三焦病的证治皆在太阳病篇中。心为君主之官。心如日中天，宣布营卫血气，再经肺分判治节至人之全身，心外统经脉血脉、内主五脏，通过经脉血脉遍五脏六腑而为一身之主。经分十二，但全部经络之主统在太阳；三阴三阳分为六节，六节之大用统在太阳。故《伤寒论》太阳病篇可以见其他五经的主病主方，而其他五经未有如太阳者也，东西南北四天宿之名的各经主方也皆见于太阳病篇中（泻心汤、白虎汤、真武汤、大小青龙汤），而其他五经亦未有如太阳者也。
肺为相辅之官。肺为天脏，主皮毛，气化布于肩背，主外的功能隐于太阳之位。肺为天脏，阻遏阳气，心肺配合，一开一合以有太阳之位、之气、之功。《伤寒论》中肺病之主治在太阳病篇中，肺病整个之治当于太阳、阳明、太阴中求之，麻黄汤、大小青龙汤、麻杏石甘汤、麦门冬汤、厚朴麻黄汤、苓甘五味姜辛汤等治咳喘诸方皆是依此原理而制方。如《灵枢·邪气脏腑病形》篇云：“形寒寒饮则伤肺，以其两寒伤感，中外皆伤，故气逆而上行。”形寒属外病，在太阳之位，饮冷则为病中，在阳明、太阴之位，皆关乎肺。
太阳之中，心肺一主一从，宣散营卫血气并治节分布，掌控营卫、血气升降出入至全身的节奏，并变化以应天之度数。故经脉和血脉以及人身属外的皮肉筋骨脉等，从气化结构角度来看也是属太阳，经脉之病、血脉之病、皮肉筋骨脉之病均属太阳病的范畴。
桂枝汤，阳旦汤，阳旦者，六节中肝心之始终。气生于母子，一日之阳旦，象四时之春，肝生精发陈，发肾精而有心阳之用，启土脏化水谷生成营卫再汇中天，二者之功用皆聚于桂枝汤一身。桂枝汤为太阳病第一主方，才能为《伤寒论》第一主方；桂枝汤为生精第一方、调营卫第一方、生血气第一方，故为《伤寒论》祖方。太阳病为人身百病之始，其他五经之病多根由太阳病不治、误治、坏病而后流转至其他五经，进而入脏腑乃成内病，故在《伤寒论》太阳病篇中可见所有其他五经病之全部，而其他五经绝无如此者。
得太阳之义、太阳病之治，得人身健康之大概；能用桂枝汤类方娴熟者，方为医中人杰。
②少阴
精气之大用在太阳，本在少阴。心出于肾，阳气出于阴精，阳气以阴精为本，心以肾为本。
少阴，为太阳少阴天部系统之内。“心部于表，肾治于里”“肾上连肺，故将两脏”，表里一也；“合心于精，非其人勿教，非其真勿授，是谓得道”，金匮真言也。
太阳之里为少阴，少阴之外为太阳；精气虚则为少阴病，不虚则为太阳病。所言虚者，精气夺是也。
《伤寒论》中的三阴病皆是脏病、阴病、精气虚损之病，三阴病中因各脏阳气、阴精亏虚比例的不同，分为寒化、热化两类。阳虚则寒，阴精不足则虚热，此虚热沿经脉上行至咽喉、手心、胸膈而成温病之因，故温病之热本为内热上溢，根本上讲温病为内伤病而非外感病。
“冬伤于寒，春必病温”中伤之所指为精伤，以肾应冬、肾藏精是也，即“冬不藏精，春必病温”之意。温病之初伤在营，久伤在精，初之治在麦门冬汤、白虎汤中，久则在厥阴、少阴热化证中求之。
少阴之象应坎卦，生命之象也为一坎卦，人身、天地之象亦为一坎卦，“万物皆负阴而抱阳，冲气以为和”。少阴水火之位，寓真水真火，主藏精气与起亟。言少阴君火者，心为君火（凡火）本自少阴中真火所化。少阴为太阳之主，经言“合心于精”，扶阳之理甚为重要，然固四逆而执之略有不妥，精不足者妄而重补其阳，阳盛过度益耗真精，摇动真精而病益重。另如“阳强则不能密”、壮火食气等，精随热消耗外泄，天命不保。
太阳少阴系统主精气之藏用而为人身之天部，得太阳少阴之大义者，得《伤寒论》。